（一）辦公室。負責文電、會務、機要、黨群、后勤保障等機關日常工作；承擔信息、保密、檔案、信訪、政務公開、財務、統計、安全應急、信息化建設、人口管理和離退休人員管理等工作；負責機關人事管理、機構編制、勞動工資、教育培訓，協調審計專業技術考評等工作；擬訂審計工作的規劃、年度工作計劃和審計項目計劃；協調黨廉和扶貧工作。
（二）法規審理和整改監督股。起草或培訓審計業務制度；審理審計業務事項；負責對重大違紀違法問題線索的移送協調；承擔有關規范性文件的合法性審查工作；承擔有關行政復議、行政應訴等工作；組織審計結果公告；推動落實內部審計制度，對市直部門和事業單位內部審計機構進行業務指導，監督內部審計職責履行情況，檢查內部審計業務質量；組織核查社會審計機構對依法屬于市審計局審計監督對象的單位出具的相關審計報告；指導和監督農村集體經濟審計工作；督促整改審計查出的問題，牽頭起草各類審計查出問題的整改情況報告，監督審計執法行為；承辦局交辦的其他審計任務。
（三）經濟責任審計股。承擔審計法賦予本級審計機關經濟責任審計權限，包括對市管黨政主要領導干部和國有企業領導人員實施經濟責任審計；承擔全市經濟責任審計工作的協調、管理和業務指導工作；承擔市經濟責任審計工作聯席會議有關工作；承辦局交辦的其他審計任務。
（四）財政審計股。組織審計市級預算執行情況、決算草案和其他財政收支，根據上級審計機關的要求，對鎮（街）人民政府預算執行情況、決算草案及其他財政收支和市財政轉移支付資金組織審計；組織審計市屬國有金融機構和市政府規定的市屬國有資本占控股或主導地位金融機構的資產、負債、損益及其境外國有資產投資、運營和管理情況；組織審計全市政府債務、隱性債務和其他相關債務；組織審計有關重大政策措施和宏觀調控部署貫徹落實情況；承擔市級財政支出項目的績效審計責任，評價財政資金的使用效益和政府績效管理水平；承辦局交辦的其他審計任務。
（五）行政事業和企業審計股。組織審計市直黨政群機關和事業單位、社會團體的預算執行情況和決算；組織審計市直黨政群機關、事業單位、社會團體及各鎮（街道）人民政府管理的專項資金；組織審計使用市財政資金的事業單位和社會團體的財務收支；承擔市重大項目稽察職責；組織審計市屬國有企業和市政府規定的市屬國有資本占控股或主導地位的企業的資產、負債、損益及其境外國有資產投資、運營和管理情況；組織審計市駐外非經營性機構的財務收支以及本市接受國際組織和外國政府援助、貸款項目；承擔有關專項境外審計工作；負責市屬國有企業相關審計工作；組織審計市政府相關部門、縣級以上人民政府管理和其他單位受市政府及其部門委托管理的社會保障基金、社會捐贈資金以及其他有關基金、資金的財務收支；承辦局交辦的其他審計任務。
（六）農業農村和資源環境審計股。組織審計農業農村、扶貧開發以及其他相關公共資金和建設項目；組織開展領導干部自然資源資產離任審計以及自然資源管理、污染防治和生態保護與修復情況審計；組織審計市政府投資和以市政府投資為主的建設項目以及其他關系到國家利益和公共利益的市屬重大公共工程項目；組織審計市對口支援重大項目和資金；承辦局交辦的其他審計任務。
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